《计算机软件保护条例》于2001年12月20日以中华人民共和国国务院令第339号公布，根据2011年1月8日《国务院关于废止和修改部分行政法规的决定》第1次修订，根据2013年1月30日中华人民共和国国务院令第632号《国务院关于修改<计算机软件保护条例>的决定》第2次修订。
该条例分总则、软件著作权、软件著作权的许可使用和转让、法律责任、附则5章33条，自2002年1月1日起施行。
一、明确保护内容
《条例》第二条明确，受保护的计算机软件包括的是计算机程序及其有关文档。第四条规定，受条例保护的软件必须由开发者独立开发，并已固定在某种有形物体上。
尤其该注意的是，《条例》第六条强调开发软件所用的思想、处理过程、操作方法或者数学概念等不受软件著作权的保护。
二、办理软件登记
《条例》第七条明确著作权人可以向国务院著作权行政管理部门认定的软件登记机构办理登记，这里的登记机构即中国版权保护中心。
同时，《条例》还提到，订立许可他人专有行使软件著作权的许可合同，或者订立转让软件著作权合同，可以向该中心登记。
三、转让自由度高
《著作权法》规定，著作权人可以许可他人行使、转让除发表权、署名权、修改权、保护作品完整权以外的权利。但《计算机软件保护条例》对计算机软件的著作权作出了例外规定，软件著作权人可以全部或者部分转让其软件著作权，并有权获得报酬，即可转让的权利包括了发表权、署名权和修改权。
四、合作软件权属
合作开发软件的自然人、法人或者其他组织，著作权的归属可由书面合同约定 。无约定的情况下，软件可以分割使用的，开发者对各自开发的部分可以单独享有著作权；不能分割使用的，著作权由各合作开发者共同享有；不能协商一致又无正当理由的，任何一方不得阻止他方行使除转让权以外的其他权利，但所得收益应当合理分配所有合作开发者。
五、保护期限限制
《著作权法》规定，具有人身属性的署名权、修改权和保护作品完整权的保护期不受限制，即作者对作品无期限享有这三项权利。但是，《条例》明确了计算机软件著作权的各项权利都有保护期的限制。自然人的权利保护期为自然人终生及其死亡后的50年；法人或者其他组织的权利保护期为软件首次发表后50年。
六、合理使用范围
2013年修改过后，《条例》缩小了合理使用——依法不经著作权人许可并且不向其支付报酬的使用作品方式的范围,极大地提高了计算机软件的版权保护的水平。由于条例将合理使用缩小到仅限于为了学习和研究软件内含的设计思想和原理,通过安装、显示、传输或者存储软件等方式使用软件的范围,这就意味着不仅购买盗版软件的行为构成侵权,而且购买一套正版软件在多台电脑上安装的行为也构成侵权。换句话说,未经软件著作权人授权的计算机软件最终用户也是侵权者,需要承担相应的法律责任。
七、合法授权义务
《条例》第二十八条规定，软件复制品的出版者、制作者不能证明其出版、制作有合法授权的，或者软件复制品的发行者、出租者不能证明其发行、出租的复制品有合法来源的，应当承担法律责任。此条明确了相关行业的从业人员，须承担证明软件或其复制品具备合法授权的义务。
八、常见的侵犯计算机软件著作权的行为
计算机软件是我国著作权法保护的客体之一。根据《条例》第18条及《最高人民法院关于审理著作权民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第21条的规定，计算机软件用户未经许可或者超过许可范围商业使用计算机软件的，就构成侵犯著作权。商业使用行为是指在计算机安装并使用软件，完成使用者的需求。若未经许可或超过许可范围，在计算机上安装并使用软件，将会侵犯软件著作权人的复制权，应该承担相应的侵权责任。
商业使用计算机软件侵权行为包括但不限于：
1.单位或员工为完成本职工作或完成某一特定任务使用盗版或未经授权或超过授权许可范围使用计算机软件；
2.单位或员工明知或应知购买的计算机预装计算机软件（对于仅商业使用预装软件的用户而言），若存在教唆引诱他人侵权或单位未对其员工实施必要的监督控制导致侵权行为发生的，应当承担侵权责任；
3.企业的经营范围中包含需使用该等软件的业务，单位或个人使用盗版或未经授权或超过授权许可范围使用该计算机软件；
4.单位或个人通过使用盗版或未经授权或超过授权许可范围的计算机软件制作成果，直接或间接用于营利或企业运营，如企业宣传画册、宣传片、工程图纸、设计图纸等。
九、侵犯计算机软件著作权要承担民事责任、行政责任、刑事责任
若发生侵犯计算机软件著作权的行为，根据我国现行《著作权法》、《计算机软件保护条例》、《民法典》、《刑法》等法律规定，侵权人应承担承担停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任；损害社会公共利益的，著作权行政管理部门可以进行行政处罚；触犯刑法的，可以依据侵犯著作权罪、销售侵权复制品罪的规定，依法追究刑事责任。
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