三格化粪池无害化的效果与进入粪池的水量有很大的关系，每人每天设计冲水量不多于9升。因此，要避免一次性用大量的水冲化粪池。洗澡水、洗衣洗地水都不得排入化粪池。三是不要直接使用、二池粪便，要坚持使用无害化的三池粪液。如有新鲜粪便要倒入池，禁止倒入粪池。否则会污染已经无害化的三池粪水。四是要及时盖好活动盖，防止蚊、蝇飞入孳生。五是要注意约半年至1年清理、二池粪皮粪渣。当三池出现粪皮时池就一定要进行清渣。由于三格式厕所总是会产生粪渣的，所以不能把化粪池特别是清渣口埋入水泥地面之下。粪渣如不及时清除就有可能堵塞过粪管，降低无害化的效果。
