对于牛顿晚年发疯的原因，许多学者推测有以下几种可能性。
一、 可能是由于劳累、用脑过度引起的
牛顿还没到30岁的时候，就几乎已经是满头白发，甚至连眉毛胡子都白了，而毛发的异常可能是某些疾病的先兆。牛顿有可能患有神经功能紊乱和一些慢性疾病，而用脑过度导致早衰的出现，长期处于神经紧张和受到强烈刺激的情况也加速了毛发变白这种现象。
二、是因为汞中毒的推测
有人认为牛顿是因为汞中毒引起的疯癫。早在1979年的时候，科学家对牛顿的头发进行了检测，发现牛顿头发里汞含量惊人，是正常人的许多倍，于是许多人猜测牛顿晚年发疯可能是汞中毒引起的。
汞是可以进入人体毛发当中的，正常人发毛里的汞含量大概是2.5ug/g上下，牛顿头发里汞含量超过了50ug/g，也这被作为牛顿晚年发疯是因为汞中毒猜测一项证据。
那么牛顿的头发为什么会汞超标呢？
当时的牛顿痴迷于炼金术，在17世纪，还没有形成化学这门学科，当时统称为炼金术。正因如此，牛顿想将化学从炼金术里剥离出来，所以对炼金术进行了深入研究。
而长期在实验室进行化学和炼金术的研究避免不了经常接触汞，汞这种金属在常温下非常容易蒸发在空气中，长期处于这种环境下就会进入人体。因此导致了牛顿毛发中汞含量超标。
三、牛顿晚年疯了，是因为亲友的离世对精神的打击
还有许多人认为牛顿是因为恩师，挚友和母亲的离世，使他长期处于极度悲伤，情绪低落。并且他多年研究的炼金术和化学的重要论文文件，还被一场大火烧毁，一系列事件对精神上的打击不可谓不大。
这种长期在外在因素的影响下形成了心理障碍从而产生心理异常最后精神崩溃。
四、是因为痴迷于神学
当然牛顿晚年时痴迷于神学也被众人所熟知，甚至许多人都说科学的尽头是神学。我们都知道长期痴迷于神学的人总是有点神神叨叨地看上去不正常的样子。
那么牛顿真的是痴迷于神学了吗？
其实，虽然牛顿在晚年对神学的研究有点违背科学的道路。但仔细想想也情有可原，毕竟牛顿这种层次的科学家，在研究科学时也会遇见许多科学无法解释的问题。
而这种未知越多带来的困扰也越多，于是只能将未知推给上帝了。这也是人类传统，无法解释的现象只能推给神灵，这样也许是一种心理上的解脱。
但牛顿并没有放弃科学，并且积极地传播科学，神学也许只是对无法解释的未知现象的一种心理安慰。
