全真教创立于金初，因始祖王喆自题所居庵为全真堂而得名。全真教始祖王喆(1112~1170),原名中孚，字允卿。后改名世雄，字威德。入道后改名喆，字知明。因仰慕陶渊明的高风亮节，取道号重阳子。王喆早年举儒生业，兼习射骑。相传金海陵王正隆四年(1159)曾遇甘河仙人密授口诀，饮神水，从此就断绝俗念，悟道出家。在终南山脚下，建筑墓穴，取名活死人墓。开始穴居修道的生活。金世宗大定七年(1167)云游至山东宁海，遇马钰（道号丹阳）、孙不二，收为徒弟，从此在山东宣扬全真之道。
不久，又有谭处端、刘处玄、丘处机、王处一、郝大通等来从师，王喆授以全真道法，并在文登、莱州、登州等地建立三教七宝会、三教三光会、三教玉华会、三教金莲会、三教平等会。大定九年与弟子马丹阳、谭处端、刘处玄、丘处机西归陕西祖籍，病死于道中，葬于终南山刘蒋村。从此，全真道尊刘蒋村为祖庭。金章宗赐庵名灵虚观，元太宗加封为重阳万寿宫。元世祖至元六年(1269)封王重阳为全真开化真君；元武宗至大三年(1310)加封为重阳全真开化辅极帝君。
全真教虽由王重阳创立，而真正发扬光大其教者，实属丘处机。丘处机(1147~1227)字通密，号长春，山东栖霞人。19岁出家入道，20岁拜王重阳为师。金大定十四年穴居陕西磻溪六载，又至龙门山潜心修炼，开创全真龙门派。金章宗于明昌元年(190)下诏禁罢全真等教，丘处机回归栖霞。泰和八年(1208)金章宗赐所居观名太虚观。金宣宗贞祐二年(1214),丘处机以宜扬不系不争、正心纯一招安山东起义军杨安儿，深受朝廷嘉奖，名噪一时信道者日众。元太祖十四年(1219),遣使臣刘仲禄召请丘处机西上。丘处机深识政局变化趋势，带领弟子十八人从莱州出发，行程万余里，到达西域大雪山，拜见成吉思汗，以一天下者，必在乎不嗜杀人，劝告成吉思汗少杀生灵。并以道家传统思想清心寡欲为要、敬天爱民为本晓喻元太祖，深得太祖器重，尊为神仙。回到燕京后，居白云观，建立平等、长春灵宝等八会，开创传戒制度，公开设坛说律戒。元统治者赐以虎符、玺书，命掌管天下道教，免除道院和道士的切赋税差役。因此，全真教在统治者的支持下，得以大力发展。
全真教早期以个人隐居潜修为主，不尚符箓，不炼黄白外丹方术，以识心见性，除情去欲，忍耻含垢，苦己利人为教宗，以性（精神）命（身体）双修为修道的根本。全真道教理认为：人心常许依清静，便是修真捷径。注意气功、内丹，认为：道以无心为体，忘言为用；柔弱为本，清修为基。节欲食，绝思虑，静坐以调息，安寝以养气。心不驰则性定，形不劳则精全，神不扰则丹结。然后灭情于虚，守神于极，不出户庭，而妙道得矣。全真教祖述道家学说、老庄哲学思想，继承和发展了两宋以来内炼理论和方法，成为金元道教中重要派别，一直影响到明清及近代。
全真教在金元时期，比太一教、真大道教兴盛、流传长久，成为元以至明清时代道教中领教集团，其原因除了受到统治阶级青睐外，更主要的首先是教徒注重文化修养，恪守戒律，遵守道规。注重自我身心修养，得到民众的尊崇。道内法师注重教史修撰，立碑著记，影响深远。如真常真人李志常著《长春真人西游记》除记载丘处机西上会见成吉思汗的历程、对答、酬唱外还详细地记录了沿途的地理、民俗、政治等，对研究当时蒙古社会有很重要的价值。
其次，全真子宋披云开凿石龙山道教石窟，重刊《金藏》于平阳郡；秦志安撰著《金莲正宗记》，前收钟离权、吕洞宾，后述七真传教，是一部早期全真教教史。其后，又把《金莲正宗记》、《烟霞录》、《绛仙》、《婺仙》等有关全真教史料，收集在所修撰的《道藏》书中，保存了非常重要的资料。特别值得一提的是李道谦，他历任重阳官主事、京兆道门提点、陕西五路、西蜀四川道教提点。他以儒士入道，终身不曾废弃著述，除自著《筠溪集》外，还著有《终南山祖庭仙真内传》三卷、《七真年谱》一卷，《终南山记》三十卷、《甘水仙源录》六卷，使全真教教史大备，成为中国道教史上重要著作。
全真教由一个有民族意识的宗教而兴起，援人儒、佛，吸收二教思想，形成以道家思想为核心的三教合一的新道教派别。为了招纳三方面的群众，全真教把《道德清静经》、《般若心经》、《孝经》列为信徒必读经典，并教人孝谨纯正心诚意，少思寡欲，注重在下层民众中的传教活动。同时，广为结交中层士大夫阶级，谋求上层达官贵族、皇家宗室的支持。因此，教派基础深厚，思想意识渗透进各阶层中，产生深刻的影响。这是太一教、大道教不可比拟的。
全真教后期受到官方的崇信，逐渐由一个勤作俭食求返真朴的民众教团，变成了出入公门，煊赫一时的官方宗教。这是道教从民间走向上层的转折点，其本身也就走向了背叛原教旨的反面。明太祖推翻元朝统治后，全真教受到了冷遇。其后，代之而起、统一诸路道教的便是江西龙虎山张天师的正一教派。
